Στη βιολογική γεωργία, ο σκοπός είναι να καλλιεργήσει κανείς φυτά σε συνθήκες όπου η οικονομική σημασία των εχθρών, ασθενειών και ζιζανίων θα είναι μηδενική ή μικρή. Όπου η βιολογική καλλιέργεια διεξάγεται καλά (ποικιλίες καλά προσαρμοσμένες στο περιβάλλον, πρόγραμμα ισορροπημένης λίπανσης, γόνιμα εδάφη υψηλής βιολογικής δραστηριότητας, σωστά συστήματα αμειψισποράς, χλωρά λίπανση κλπ) αυτό το αποτέλεσμα μπορούμε να το επιτύχουμε στην πλειονότητα των περιπτώσεων.

Σύμφωνα με την επίσημη Εφημερίδα των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων που κυκλοφόρησε τον Ιούλιο του 1991 και τις πρόσφατες αποφάσεις του IFOAM (Διεθνής Ομοσπονδία Κινημάτων Οργανικής Γεωργίας) η καταπολέμηση των εχθρών των φυτών πραγματοποιείται με την εφαρμογή των ακόλουθων μέτρων, σύμφωνα με τις αρχές της βιολογικής γεωργίας.

Επιλογή των κατάλληλων ειδών και ποικιλιών. Προσπαθούμε να επιλέξουμε είδη και ποικιλίες φυτών όσο το δυνατόν προσαρμοσμένα στο έδαφος και στο κλίμα και όσο το δυνατόν ανθεκτικά στους εχθρούς και τις ασθένειες.

Καλλιεργητικές μέθοδοι αντιμετώπισης εχθρών και ασθενειών. Με την εκλογή κατάλληλου φυτευτικού υλικού, εκλογή κατάλληλου χρόνου και τρόπου σποράς ή φύτευσης, συντήρηση όρων ευνοϊκών για τη ζωή των φυτών (κλάδεμα, ζιζάνια), εφαρμογή έγκαιρης ισορροπημένης λίπανσης, απομάκρυνση - καταστροφή φυτών - ξενιστών εντομών - καταστροφή με βαθύ παράχωμα των υπολειμμάτων, εφαρμογή κατάλληλης αμειψισποράς, φυτά - παγίδες.

Μηχανικές μέθοδοι καλλιέργειας. Συλλογή των εντόμων και των άλλων βλαβερών ζώων, μηχανική σύνθλιψη αυτών, προστασία των φυσικών εχθρών των βλαβερών ζώων μέσο της εξασφαλίσεως συνθηκών που να τους ευνοούν (φυτικοί φράχτες, τόποι φωλιάσματος κλπ), παγίδευση (παγίδες τροφικές -φερομονικές - φωτεινές - χρωματιστές- ηχητικές - μηχανικές παγίδες νερού -αναρροφητικές), απολύμανση εδάφους και φυτευτικού υλικού με φυσικά μέσα - θερμότητα, καλλιεργητικοί χειρισμοί - ενσωμάτωση φυτομάζας, χρήση διαλογέων σπόρων με μαγνήτες - χρήση καλλιεργητικών μηχανημάτων.

Βιολογικές μέθοδοι και μέσα καταπολέμησης των εχθρών των καλλιεργειών. Αρπακτικά έντομα και παρασιτοειδή, σκευάσματα εντομοπαθογόνων νηματωδών, μυκήτων, βακτηριδίων και ιών. Βιολογικά σκευάσματα κατά των ζιζανίων.

Προστασία των φυσικών εχθρών των εντόμων με προϊόντα φυτοπροστασίας. Σε περιπτώσεις που η καλλιέργεια κινδυνεύει άμεσα υπάρχει ένας κατάλογος προϊόντων που επιτρέπονται να χρησιμοποιούνται για την αντιμετώπιση των εχθρών και των ασθενειών των φυτών στα πλαίσια της βιολογικής γεωργίας γίνεται με τα ακόλουθα:
-Παρασκευάσματα με βάση πυρεθρίνες που εξάγονται από το Chrysanthemum cineraria folium και περιέχουν ενδεχομένως συνεργό ουσία.
-Παρασκευάσματα από το Derris elliptica
-Παρασκευάσματα από το Quassia amara
-Παρασκευάσματα από το Ryania speciosa
-Πρόπολις
-Γη διατομών
-Κόνις πετρωμάτων

-Παρασκευάσματα με βάση τη μεταλδεϋδη, που περιέχουν απωθητικό για τα ανώτερα ζωικά είδη και εφόσον χρησιμοποιούνται μέσα σε παγίδες

-Θείο
-Βορδιγάλειος πολτός
-Βουργούνδιος πολτός
-Πυριτικό νάτριο
-Διττανθακικό νάτριο
-Καλιούχος σάπων (μαλακό σαπούνι)
-Παρασκευάσματα φερομονών
-Παρασκευάσματα του Bacilluw thuringiensis
-Κοκκοειδή παρασκευάσματα ιών
-Φυτικά και ζωικά έλαια
-Παραφινέλαιο

Τα συνθετικά γεωργικά φάρμακα απαγορεύονται

Στις μονάδες μεταποίησης

Είναι φανερό ότι ένας καταναλωτής όταν αγοράζει τρόφιμα με τη σήμανση «βιολογικό» αναμένει ότι η ποιότητα τους θα είναι ανάλογη με ένα φυσικό προϊόν. Οι κοινοτικοί κανόνες περιορίζουν τη χρησιμοποίηση των συστατικών μη γεωργικής προέλευσης, όπως είναι τα προσθετά τροφίμων, ανόργανα άλατα, αρώματα κτλ. Καθώς και τα βοηθητικά μέσα μεταποίησης, στα απαραίτητα για την παραγωγή τροφίμων που έχουν ως πρώτη ύλη προϊόντα βιολογικής γεωργίας. Αυτά τα συστατικά είναι καταγραμμένα στον κανονισμό 2092/91 της Ε.Ε..
Σε αυτόν τον τομέα επιχειρείται να εξασφαλιστεί μια ισορροπία μεταξύ των προσδοκιών των καταναλωτών, που επιζητούν - καθαρά προϊόντα, και της τεχνολογικής ανάγκης για την παρασκευή και προμήθεια στην αγορά ενός μεγάλου αριθμού ειδών τροφίμων με βιολογική σήμανση.
Οι μέθοδοι και οι τεχνικές μεταποίησης και συσκευασίας στο βιολογικό τομέα, θα πρέπει να είναι σύμφωνες με την κοινοτική νομοθεσία, ή όπου αυτή δεν εφαρμόζεται με την εθνική νομοθεσία για τα τρόφιμα. Ο κανονισμός 2092/91 απαγορεύει τη χρησιμοποίηση γενετικά τροποποιημένων οργανισμών.